หลังจากที่โคนันเเละไฮบาระได้สืบหาที่ซ่อนของเเก๊งชายชุดดำเเล้ว ทุกคนก็ได้รู้ ว่าโคนันคือ ชินอิจิ เมื่อรันรู้จึงเสียใจมากที่ชินอิจิโกหกตัวเองมาตลอดเอาเเต่นั่งซึมอยู่นาน ขณะที่โคนันกับไฮบาระเเละเฮย์จิได้สืบหาที่ซ่อนของชายชุดดำ เฮย์จิถูกว็อดก้าจับตัวไปโคนันเเละไอจังจึงออกตามหาไปกัน2คน ระหว่างทางไฮบาระได้บอกชอบชินอิจิตั้งเเต่ เเรกพบเเล้วชินอิจิ(โคนัน)ดีใจมากเพราะตัวเองก็ชอบไฮบาระอยู่ ทั้งสองจึงออกตามหาชายชุดดำต่อไป ระหว่างทางโคนันได้พบว๊อดก้าซึ่งได้ฆ่ายีนแล้วแย่งยามา เป็นยาที่สามารถแก้ตัวเล็กได้ เมื่อจัดการจับว๊อดก้าได้แล้วจากอุปกรณ์ที่ดอกเตอร์อากาสะมอบให้ก่อนตาย ทั้งสองจึงกินยาเข้าไป 3 ชั่วโมงต่อมาโคนัน ก็โตเป็นชินอิจิ ไฮบาระก็โตเป็นมิยาโนะ เเละได้เสียกันที่โรงงานร้างแห่งนั้น ต่อมาทั้ง2คนก็ได้เเจ้งให้สารวัตรเมงูเระนำตำรวจไปค้นที่เเก๊งชายชุดดำ ซึ่งความจริงหัวหน้าเเก๊งก็คือ....สารวัตรเมงูเระนั่นเองเเต่เเกล้งทำเป็นตำรวจเรื่อยมา คดีคลี่คลายลง วันที่12ตุลาคม 2002 พร้อมกับการเสียชีวิตของสารวัตรชิราโทริจากน้ำมือของสารวัตรเมงูเระ และเมงูเระเองที่เป็นคนแรกที่ถูกจอมโจรคิดฆ่าตาย จากเอโดกาว่าโคนันได้กลายเป็น คุโด้ ชินอิจิ ไฮบาระ ไอ เป็น มิยาโนะชิโฮ ทั้งสองได้เเต่งงานกัน เฮย์จิเเต่งงานกับคาสึฮะ หมวดทาคางิเเต่งงานกับหมวดซาโต้ ซึ่งเสียใจอย่างมากที่สารวัตรเมงูเระที่ตนรักดังพ่อเป็นหัวหน้าขององค์กรชุดดำ โซโนโกะเเต่งงานกับเคียวโกคุ ซึ่งผันตัวเองเป็นโค้ชคาราเต้ทีมชาติ โมริกับคิซากิคืนดีกันเหมือนเดิมทั้งคู่กลับมาอยู่ด้วยกันแต่ไม่มีรันอยู่ด้วยกับเขา 5 ปีต่อมา รันกลายเป็นนักคาราเต้สุดยอดเเชมป์ระดับประเทศ หลังจบการแข่งขันได้มีเเฟนหนุ่มมาเชียร์และมอบดอกไม้ให้เธอ เขาผู้มีใบหน้าตกกระและท่าทีที่เหนียมอาย เขาก้อคือ สึบุระยะ มิทสึฮิโกะ นั่นเอง ชินอิจิมีลูกกับชิโอชื่อว่า ''ชินจิ'' จบ